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Financement de 3 ans pour une thèse à effectuer à Illkirch

Financement de 3 ans pour une thèse dont le sujet serait : PPIome - Cartographie 3D des interfaces protéine-protéine droguables et conception rationnelle d’inhibiteurs

En résumé :
Le projet vise à cartographier pour la première fois l’ensemble des interfaces protéine-protéine droguables de structure 3D connue, ainsi que les sites de liaisons allostériques de ces interfaces. La totalité des 86 000 structures de protéines stockées dans la Protein Data Bank, sera analysée au moyens de logiciels développés dans notre équipe (laboratoire de chémogenomique structurale) afin :

  • d’en extraire les homo- et hétéromères protéiques physiologiquement relevants,
  • d’identifier toutes les cavités à l’interface ou proximales de cette dernière,
  • de prédire la droguablité structurale de chaque cavité afin de ne retenir que celles susceptibles d’accueillir une molécule « drug-like » de faible poids moléculaire. (4) de prédire le type de ligands susceptibles de s’y lier.

Compétences requises :
un Master (ou diplôme équivalent) dans une des disciplines suivantes ( bioi- nformatique, cheminformatique, chimie théorique) est exigé. Le (la) candidat(e) devra avoir une expérience pratique obligatoire dans au moins deux langages de programmation (ex : C, C++, python, java, perl) et de bonnes connaissances de bases en biologie structurale (structure des protéines) et chimie-physique (interaction moléculaires). Un relevé de notes des deux dernières années d’études, ainsi qu’un avis d’un référent extérieur sera demandé. La maitrise de l’anglais scientifique est indispensable.

- Contact : Dr. Didier ROGNAN (rognan@unistra.fr)