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Accueil > Infos et Pages pratiques > Archives du site > Enseignement > Proposition de thèse à l’INRA, Institut Micalis, INRA - AgroParisTech, Thiverval-Grignon

Proposition de thèse à l’INRA, Institut Micalis, INRA - AgroParisTech, Thiverval-Grignon

21 avril 2010

Un sujet de thèse, validé par l’école doctorale ABIES () pour le
concours 2010, est proposé à l’INRA - AgroParisTech à Thiverval-Grignon.

Le sujet "Adaptation des levures du clade Yarrowia à leur biotope : cas de l’évolution du métabolisme des lipides" est pluridisciplinaire, avec une forte dominante en génomique comparative. Les détails sur le profil sont à récupérer dans la liste des sujets.

Profil recherché

L’étudiant devra maîtriser les outils classiques de génomique et les nouveaux outils informatiques associés aux données de séquences haut-débit (approche RNA-seq). Une expérience en programmation Perl ou Python serait la bienvenue.

Financement

Si le candidat réussit le concours de l’école doctorale, la thèse sera financée par le ministère de l’enseignement supérieur et de la Recherche. Le montant de l’allocation est d’environ 1676 euros/mois (brut).

Candidature

Depuis cette année, tout étudiant en possession d’un M2 peut postuler. Il n’y a plus de condition d’âge, ni de nationalité, ni de délai entre l’obtention du Master et la demande de bourse.

Les candidats devront envoyer une lettre de motivation, accompagnée d’un
Curriculum Vitae, d’une description des travaux de recherche effectués et
des coordonnées d’un ou plusieurs référents avant le 15 mai 2010.

Résumé de la proposition

Ce projet a pour but de comprendre l’évolution du métabolisme des lipides au sein d’un groupe monophylétique de levures oléagineuses, le clade Yarrowia, en liant génomique comparative et génomique fonctionnelle. Grâce à leur aptitude à pousser sur substrats hydrophobes tels que alcanes, acides gras ou triglycérides, ces levures oléagineuses représentent de potentiels outils pour l’oléochimie, la production de biocarburants et la biotechnologie blanche. Ce sont également d’importants modèles pour l’étude du métabolisme lipidique. Actuellement, huit espèces, isolées de milieux très variés mais toutes oléagineuses, composent ce clade. Le génome de l’espèce de référence, Yarrowia lipolytica, est entièrement
séquencé et annoté, et celui de 4 autres espèces est en cours au laboratoire. Le travail de thèse visera à comparer d’un point de vue structurel et fonctionnel les génomes de ces espèces et à corréler leurs évolutions relatives à des différences de comportements transcriptomiques et phénotypiques impliquant le métabolisme des lipides. Grâce aux nouvelles technologies de séquençage à haut débit, nous utiliserons une approche RNA-seq, déjà développée au laboratoire. Sur la base de ces données in silico l’étude expérimentale (q-RT-PCR) d’un répertoire de gènes candidats sera élargie à l’ensemble des espèces du clade afin d’évaluer l’implication fonctionnelle de ces gènes dans le métabolisme lipidique, d’en décrypter les mécanismes de régulation et finalement, d’appréhender les mécanismes d’adaptation des levures à leur biotope.

Le travail se réalisera dans le contexte du GDR CNRS Génolevures réunissant 15 laboratoires impliqués dans l’analyse des génomes de levure et au sein d’un nouveau réseau de génomique fonctionnelle.

Contact :
Cécile NEUVEGLISE
INRA UMR1319, AgroParisTech
Micalis, Biologie intégrative du métabolisme lipidique microbien
Bât. CBAI - BP 01
78850 Thiverval-Grignon
tél 01 30 81 54 78 - fax 01 30 81 54 57